rstoolbox.io.read_fasta(filename, expand=False, multi=False, defchain='A')¶Reads one or more FASTA files and returns the appropiate object
containing the requested data: the DesignFrame.
The default generated DesignFrame will contain two columns:
| Column Name | Data Content |
|---|---|
| description | Sequence identifier. |
| sequence_<chain> | Sequence content. |
The sequence column assigned as sequence_A is an arbitrary decision that
has to do compatibility issues with the rest of functions and methods of
DesignFrame.
In [1]: from rstoolbox.io import read_fasta
...: import pandas as pd
...: pd.set_option('display.width', 1000)
...: pd.set_option('display.max_columns', 500)
...: df = read_fasta("../rstoolbox/tests/data/*fa$", multi=True)
...: df
...:
Out[1]:
description sequence_A
0 2TEP:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE AETVSFNFNSFSEGNPAINFQGDVTVLSNGNIQLTNLNKVNSVGRVLYAMPVRIWSSATGNVASFLTSFSFEMKDIKDYDPADGIIFFIAPEDTQIPAGSIGGGTLGVSDTKGAGHFVGVEFDTYSNSEYNDPPTDHVGIDVNSVDSVKTVPWNSVSGAVVKVTVIYDSSTKTLSVAVTNDNGDITTIAQVVDLKAKLPERVKFGFSASGSLGGRQIHLIRSWSFTSTLITTTRRS
1 2TEP:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE AETVSFNFNSFSEGNPAINFQGDVTVLSNGNIQLTNLNKVNSVGRVLYAMPVRIWSSATGNVASFLTSFSFEMKDIKDYDPADGIIFFIAPEDTQIPAGSIGGGTLGVSDTKGAGHFVGVEFDTYSNSEYNDPPTDHVGIDVNSVDSVKTVPWNSVSGAVVKVTVIYDSSTKTLSVAVTNDNGDITTIAQVVDLKAKLPERVKFGFSASGSLGGRQIHLIRSWSFTSTLITTTRRS
2 2TEP:C|PDBID|CHAIN|SEQUENCE AETVSFNFNSFSEGNPAINFQGDVTVLSNGNIQLTNLNKVNSVGRVLYAMPVRIWSSATGNVASFLTSFSFEMKDIKDYDPADGIIFFIAPEDTQIPAGSIGGGTLGVSDTKGAGHFVGVEFDTYSNSEYNDPPTDHVGIDVNSVDSVKTVPWNSVSGAVVKVTVIYDSSTKTLSVAVTNDNGDITTIAQVVDLKAKLPERVKFGFSASGSLGGRQIHLIRSWSFTSTLITTTRRS
3 2TEP:D|PDBID|CHAIN|SEQUENCE AETVSFNFNSFSEGNPAINFQGDVTVLSNGNIQLTNLNKVNSVGRVLYAMPVRIWSSATGNVASFLTSFSFEMKDIKDYDPADGIIFFIAPEDTQIPAGSIGGGTLGVSDTKGAGHFVGVEFDTYSNSEYNDPPTDHVGIDVNSVDSVKTVPWNSVSGAVVKVTVIYDSSTKTLSVAVTNDNGDITTIAQVVDLKAKLPERVKFGFSASGSLGGRQIHLIRSWSFTSTLITTTRRS
4 3TP2:A|PDBID|CHAIN|SEQUENCE GAMTSWRDKSAKVQVKESELPSSIPAQTGLTFNIWYNKWSQGFAGNTRFVSPFALQPQLHSGKTRGDNDGQLFFCLFFAKGMCCLGPKCEYLHHIPDEEDIGKLALRTEVLDCFGREKFADYREDMGGIGSFRKKNKTLYVGGIDGALNSKHLKPAQIESRIRFVFSRLGDIDRIRYVESKNCGFVKFKYQANAEFAKEAMSNQTLLLPSDKEWDDRREGTGLLVKWAN
5 3TP2:B|PDBID|CHAIN|SEQUENCE GAMTSWRDKSAKVQVKESELPSSIPAQTGLTFNIWYNKWSQGFAGNTRFVSPFALQPQLHSGKTRGDNDGQLFFCLFFAKGMCCLGPKCEYLHHIPDEEDIGKLALRTEVLDCFGREKFADYREDMGGIGSFRKKNKTLYVGGIDGALNSKHLKPAQIESRIRFVFSRLGDIDRIRYVESKNCGFVKFKYQANAEFAKEAMSNQTLLLPSDKEWDDRREGTGLLVKWAN
If the FASTA comes or is formated as PDB FASTA (as in the example avobe),
it is possible to better assign the column names to the actual sequence ID. To force
that behaviour, activate the expand option.
In [2]: from rstoolbox.io import read_fasta
...: df = read_fasta("../rstoolbox/tests/data/*fa", expand=True, multi=True)
...: df
...:
Out[2]:
description sequence_A \
0 2TEP AETVSFNFNSFSEGNPAINFQGDVTVLSNGNIQLTNLNKVNSVGRVLYAMPVRIWSSATGNVASFLTSFSFEMKDIKDYDPADGIIFFIAPEDTQIPAGSIGGGTLGVSDTKGAGHFVGVEFDTYSNSEYNDPPTDHVGIDVNSVDSVKTVPWNSVSGAVVKVTVIYDSSTKTLSVAVTNDNGDITTIAQVVDLKAKLPERVKFGFSASGSLGGRQIHLIRSWSFTSTLITTTRRS
1 3TP2 GAMTSWRDKSAKVQVKESELPSSIPAQTGLTFNIWYNKWSQGFAGNTRFVSPFALQPQLHSGKTRGDNDGQLFFCLFFAKGMCCLGPKCEYLHHIPDEEDIGKLALRTEVLDCFGREKFADYREDMGGIGSFRKKNKTLYVGGIDGALNSKHLKPAQIESRIRFVFSRLGDIDRIRYVESKNCGFVKFKYQANAEFAKEAMSNQTLLLPSDKEWDDRREGTGLLVKWAN
sequence_B \
0 AETVSFNFNSFSEGNPAINFQGDVTVLSNGNIQLTNLNKVNSVGRVLYAMPVRIWSSATGNVASFLTSFSFEMKDIKDYDPADGIIFFIAPEDTQIPAGSIGGGTLGVSDTKGAGHFVGVEFDTYSNSEYNDPPTDHVGIDVNSVDSVKTVPWNSVSGAVVKVTVIYDSSTKTLSVAVTNDNGDITTIAQVVDLKAKLPERVKFGFSASGSLGGRQIHLIRSWSFTSTLITTTRRS
1 GAMTSWRDKSAKVQVKESELPSSIPAQTGLTFNIWYNKWSQGFAGNTRFVSPFALQPQLHSGKTRGDNDGQLFFCLFFAKGMCCLGPKCEYLHHIPDEEDIGKLALRTEVLDCFGREKFADYREDMGGIGSFRKKNKTLYVGGIDGALNSKHLKPAQIESRIRFVFSRLGDIDRIRYVESKNCGFVKFKYQANAEFAKEAMSNQTLLLPSDKEWDDRREGTGLLVKWAN@cdk2_v0008;TEST_MAKEUPGGTGCGTCGTACTTTATGCAGATCCCCCATAGGCGCATGTCAGTATTCGGTATCGCCAAAGTGCACGCTCGTCACAAGCACTTAACAGGTGAGGTGGTAGCTCTTAAGAAAATACGCCTGTTCCAACCAGAACCAGGGCCGATCATGGTCAAGCCGAATATGTGTCCCTACTACTATGAATGGATTGGAAAGCGTAATCAACTGGATTCCTTTGCGCCCTGCATATCGTGTAAGATAAAGAAACGTGACACAAAGGTGAGGGGGGTTTGTTTTCATAATAGCGCAATACATTGTAAAAGTTATCGGTGCGTCGATCAAATCTTCTGCGGTTGTATAAAATGGATGATGATGGGCCGCGATTGTGAGGGGCAGGGGGAATCTCAGAATAATACGGATATAGGGGGTCCAACGGGATGTGATATCAATTGGCGAACATGTCATTTTACAGAACTTCGACATGACTGTGAAAACTGGCAAAGCGTCATCTGCAGTACTCATCACATATGTACGATGGGCCATATCGACCAGACTTCTGCTTCGGAGACCCAGGACTGGGATTCCTTTCAATGGGTGATGCTCCGATACATCCACGGCGAACAGAAGAAATATAGCATTCAGTTGGGCAATTGGGATGCTAAACAGGCAGTCAACATGCATAGACAGGAGCTGAAGGTGCTTGTGAAGAAGCGCCACGAGGAAGGCAAGATTTGTGCATGCTGCGTAATGTCACACATCGGTGTCGAAATTTCATTCTTTGGCAAGCGCTCACAGAGATTTCAGAGCGAATTTATGCAACATTGGGTGGCAAACTTCGCTATGAAGTTCAAATTTAGGAATATAGGTTGGCCACACACATCGTGGACCCAGCTCGCTGCACTGGGGGGTTGGGAGGGCTGGCACAAACCCGGGACT+?A@EC?C@AC=B>A@??DEC?EEC@C@DDD:@cdk2_v0004;TEST_MAKEUPCATGGGATGCCAATCACAAACTGCCCGAGCGACCGATATGACCGACTTGAGCACATGTGTGTCCGCACATATCTGACTGGGGAGGTGGTGGCACTTAAAAAGATTCGGCTCCACGTGCAAGACATGGCCCATACGTTGGATCATACATTAGACCATATGAAGTGGGCGCAGTCTTTCCGTAACGGGTTGATGTACTCTGAACATCGGGGGCACTGTGCCTATCCTGTATGCTCCCTGAGATCCTCGACCGTAGTCAGGTGGACGATGGTTGTAGAATACCCCTTTTGGCACACCGCCTTATGGAAGCCCATTCAAGGCACGAAGGTGTTAATGATCGGGACGCGTAAAAACTGCGTGATCCAAATGTTAATGAGGTTCGAAACGAGGGCAAACGAAAACACAGCCTGTCCCAATACTAACTTTACTGATGGTGGCGAACGTTGTTGGTGTTGTGCTTGTCGGTTTTGTAAGCATGAGATGCTGCAGCATATAGAGGAGAAACAGATAGATATCACAGATTGGTGCCTGTTTATGAGTCAACGACAAGTAAGATTCAAATGGGTTGTACTCAGGCTCTGGTTAGATACTCCTATAAAGACAAGTTCAGCCGTAGGTATCGGCTCGACTAACGGGGCAACCGACAATTTCGAGGGGTGCAGTTGGGACACGATGGCCCTTGAGTATGGATCGCAAGAGCATAATAATTGCCCCGTTGACATTAGAGATAGACTGGAGTTTCAAGACGATGGCGGGCTGAGGAACCTAAATCCTAGTACTGACATATATCCCTACGAAATGACCCTTTTCTTGTTTATGATTAAAAAGTATACCTTTGTAAGATGTGAGGTTAATCTTGATTGCCAGATGAGACCAGAATGGATTGGTGATGCCTTG+?A@EC?C@AC=B>A@??DEC?EEC@C@DDD:@cdk2_v0001;TEST_MAKEUPGGTGCGTCGAAATATTGTCCTCGGGCGCGGATTCAGTGCGAGCATTACCAGGAAGCGTTCGTTTGTCAGACGATAATAACATTAACTGGGGAGGTCGTTGCACTGAAAAAAATCAGACTGATGTTCTTTGAACAAAGCGCCGAGATGCTAAAACAAAGAATGCACGGGCATCATATGGGAGATGATCGAAGGGGCTGGGAATATGTTTCGTGCTGGTGGTGCTACGCCATCCATCGGTGGATCCATCATTCTCACTTTCATGAAATTCGTCAAGAAACTGTAACAATACTGGGGGAATACATTAGAATCACGTGCGATCAATATTTGTGCAAGTTCAAGTTTGCGGAGGTTATTCGAGATGCGTTTGTGGGGATGGAATGTATCACCGCGAAGAAAAAGTCGCAGAACAAAAGAAACGGAATACAGTATATGACTACAGCCAGTGTCGCGCTAACGCAATGGCACCAAGTAGGACTTTTCACTAACGTTAACCAACTTGACATTAATCAAATGACCGATTCCGCTCGAGAGGCTAACTTTACGCCTATTTATTGGATCAAACAGGACTGTTTCTTAAAGACACCATATCAGAACTACGAGGCTACGGTCTTCCAGACCGCAGACATTTGGTGCCGTCATGAGGCTGAATGCTGGGATCACCAAACATGGGATTGGCCCAATCCGCTAACCCAATTTTGTGAAGAACACAAGCCCAGCGATGTTAACGGGCTCGAGAATTATAGGGTCTTTTACTTTGACTGGGCATTCCATAAGGCTATACTCTGCCATGTCAAAGACATGGCACAACCGTTCGCTCTACGGGTATTCGACGAAGGCTGCTTTTGGCGATGTCAGGTTGAACAAGATTATACCCTCATCCCCGAGAGCTGGAAGTGCGTGACCCCCGGGACT+?A@EC?C@AC=B>A@??DEC?EEC@C@DDD:@cdk2_v0005;TEST_MAKEUPATGGCTAACAATTGTGATCCAGCAATGGAAGAGGTCATGCTACGATGCTTCGGCCTGGATAGATGCGGGTTACTCACAGGAGAGGTCGTGGCTCTTAAAAAAATAAGATTACACGAATACATCCACCAACTATGGATGAGCAGTTATCAGAGTCATAATGCGCACAAAACACGTTACTCAACTTGTCACTCCCAAGAACAGGTGTGTTGGCAATGTGATGTGTTCATATGTGCCTGGTGTGACCAAACATTCTTAGTCTATACCGTGAATGCTTATGATTATTGCTGCTGGTGGAGGAAAAGGTGCCTGAACGAGGGCACAACTTTCAAGATGCCCGTAGCAGTCCCAAACTGGCCCTACCAGCTAACACACCTTTGTGAGGAAGCAATCTCCATGGACTTTGGAATGGGGAATTGGATGTGTGAGCATCATGAAGAGTGGTTACACTATAGTCACATGAACATGTGCTTCTGTTTTTTTACACAGTGGATACAAGAATATGAAGACTACCAACCCGACATGTGTATAGATGTTAATCAACAATGTACGGTCATGGGCGATTACAAAGAAATACCTATTGAATGTAAAGTGCAGGCCTACATAGCTAGGTGCTTGATCTATCCCATTGTTAAAGCTGGGACACACACTTTCCATGGGGTAGGCTTTCCACCCGGTTGGGGTCAGGGTGATAAGTTCCATTGGAACCATAAGATGTCCAAGTTCCCTGGGGGGGAGATTATGAAAACGGTGTATGTCGTATGTCAAATCTCGGGGCCTCCTATGCAAAACGAATACCGGTACCTCAAGCCTTCAAATACGCTCCAGAACATGTCTTGGTATGATGGCAATCATACTTCATTGTCAGTCGCGAGCGGATGGGAAGACTTCTTCACT+?A@EC?C@AC=B>A@??DEC?EEC@C@DDD:@cdk2_v0006;TEST_MAKEUPGGTGCGTCGTTCGCCACGTTACAAAAAGATAAACCGCCGGTCATGGACACTCCTAAGCATTGTGATGCAAAAAAGACATGGCTAACCGGGGAAGTGGTGGCCTTGAAAAAAATCAGGCTACGACCTCCGTGTACATCTCTTGGACAGAGATACGTCGCTATTGACATAAAACACGCAGTTTACAGCCATAAGCAGCATAGGTCAGTCATGGACATCTTTCACACGCTGTATTTTGGCAAAAAGTGGGCCATTCGCGTTAAAGAGGCAGACTCCGTGAGGGAACAGACAGCCTGGGATTTTTGGTGGAACTGGAAGCACATCAATCAGACGTGCGGTTTCGAGGACGAAGTTATACATCCAAACCAAATGTGCATGCGCATATTGAACAACACGAAACGGGACTTACTTTTCCAATGGCCTGTCGTGTCATGTGTGAAACGAGTCCATATCCGTATCCAAACCGCATTTCGTTTCTATGCGTGTATAGTAGGGTTTCCATATGAGCCCAAGATGGATATACGAACCCAAATATGTCGTGGAACGATCGAGGAGTGGTTCCGATTCGATGTCTATAGGGAACGTATTTGGAGAAATGAAATGTATTCACAGTCTGAGAAGAGTCACAATTGTTGGAACAATAAAAATACCCAAATGTGCGCTCCCAACATGTTAAAGGGTTCTCACAATGCCTGCAAACAATCTAGGCATCATTGGAACGCAATGGATATAAGGATCCACGACGAACTACGGATCGTAGGTAGTCCATATTATCAAACGATAAGCTACCGAGTGTACAACCTAAACACTCCAGTCAAAAAAAGTCGTAACAGCGGGACCGCTCGAGGCCATTGGCATGTTGGAAATCATCTAAAGTTACGGCACGATATATACGATTGTTGCGCTCCCGGGACT+?A@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Note
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See also